成人呼吸道感染病原诊断核酸检测技术临床应用专家共识(2023)

发布日期: 2024-01-03

呼吸道感染性疾病是临床常见疾病类型,病原体的快速检测和精确诊断是感染有效治疗的重要前提。中华检验医学培训工程专家委员会联合中华医学会呼吸病学分会组织我国多学科专家共同撰写了这篇共识。共识对不同分子诊断技术的特点和适用范围,以及该类技术在不同类型成人呼吸道感染疾病中的应用策略给出了明确推荐意见。

 

下文对共识中基于不同核酸检测技术、不同应用场景的推荐意见及核酸检测技术应用建议中的部分信息进行了简述,更多详情请参阅共识原文。

 

不同核酸检测技术

临床医生和微生物实验室需根据流行病学、实验室资源、工作流程和检测成本等因素判断何时选择何种方法或不同方法的组合应用。共识中基于核酸检测技术的核心推荐意见请见下表(引自共识原文表1中部分内容)。

 

表1《成人呼吸道感染病原诊断核酸检测技术临床应用专家共识(2023)》核心推荐意见-基于核酸检测技术部分

分类 具体推荐意见 共识度
基于核酸检测技术
实时荧光PCR 实时荧光PCR包括单靶标或多靶标呼吸道病原体核酸检测,可作为核酸即时检测的参考方法,主要适用于门急诊、住院患者和大规模人群筛查 95.2%
等温扩增 等温扩增耗时短、扩增效率高,通常以核酸即时检测的形式出现,适用于门急诊、发热门诊呼吸道感染患者病原体核酸快速筛查 96.4%
数字PCR 数字 PCR可直接定量检测呼吸道标本中病原体数目,适用于低浓度样本、低丰度基因或突变基因的检测,可作为其他核酸检测方法的检测限标定 94.0%
核酸即时检测 核酸即时检测主要适用于检测场地有限或需要快速筛查的发热门诊、急诊、ICU等呼吸道感染患者的特定病原体检测 97.6%
病原体高通量测序 病原体高通量测序在传统微生物检验未能明确病原或急需快速鉴别是否感染及其病原体时,有选择地使用,主要适用于呼吸道重症感染、疑似特殊病原体感染、聚集性呼吸道传播性感染患者 98.8%

 

不同应用场景

1. 急性上呼吸道感染

建议在流感病毒、新型冠状病毒等流行季节和高风险地区,对高危人群 (老年人、儿童、孕产妇、合并基础疾病的患者)进行病原体核酸即时检测,以鉴别诊断、缩短患者就诊时间、降低病原体传播风险。

 

病原体:

  • 病毒为主:鼻病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒、冠状病毒等;
  • 细菌少见:化脓链球菌、 白喉棒状杆菌、溶血隐秘杆菌、淋病奈瑟菌等;化脓性感染考虑厌氧菌

核酸检测技术:单靶标实时PCR、多重实时PCR、微流控芯片、宏基因组高通量测序(mNGS)、多重病原体靶向测序(tNGS)

 

2. 气管支气管炎

对于反复急性加重、 发热伴脓痰、 经病情评估需住院诊治的患者,可以考虑细菌涂片或培养尽快明确病原学以便指导抗生素应用。对于免疫功能正常并且存在住院风险的成人患者, 建议尽快采用多重PCR技术检查以明确病原,可能利于缩短抗生素使用时间和住院时间,但是儿童毛细支气管炎的患者不推荐常规进行病毒检测。

 

病原体:呼吸道合胞病毒、副流感病毒、人偏肺病毒、腺病毒、肺炎支原体、肺炎衣原体等

核酸检测技术:单靶标实时PCR、多重实时PCR、微流控芯片

 

3. 社区获得性肺炎

建议对社区获得性肺炎重症患者同时行常规病原学检查和核酸检测, 以提高病原体检出率。

 

病原体:肺炎链球菌、肺炎支原体、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌、金黄色葡萄球菌、呼吸道病毒、军团菌、诺卡菌、放线菌等

核酸检测技术:多重实时PCR、微流控芯片、tNGS、mNGS

 

4. 医院获得性肺炎/呼吸机相关性肺炎

病原学诊断应以传统培养方法为主,必要时可联合采用多靶标病原体核酸检测,不需要常规行mNGS,仅在患者存在免疫缺陷、3d 内未通过传统微生物检验明确病原体并且经验性抗感染治疗无效时,可考虑行以DNA测序为主的mNGS。

 

病原体:多重耐药革兰阴性菌: 肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、其他肠杆菌目细菌、嗜麦芽窄食单胞菌、洋葱伯克霍尔德菌等;甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌等

核酸检测技术:多重实时PCR、微流控芯片;必要时tNGS、mNGS

 

5. 慢性阻塞性肺疾病急性加重

不建议常规行流感病毒、新型冠状病毒等呼吸道病毒的核酸筛查,仅对有流行病学史、流感样症状或者病情严重需住院治疗的患者进行核酸检测。

 

病原体:

  • 常见:流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、肠杆菌目细菌等;
  • 少见:肺炎衣原体、肺炎支原体、军团菌、金黄色葡萄球菌等

核酸检测技术:多重实时PCR、微流控芯片、tNGS、mNGS

 

6. 肺结核及结核胸膜炎

肺结核患者推荐常规行结核分枝杆菌涂片、培养和核酸检测,mNGS与结核特异性PCR对结核分枝杆菌的诊断能力相似;结核性胸膜炎的患者建议行胸水和胸膜组织的结核分枝杆菌培养和核酸检测;对涂片抗酸染色阴性的患者,至少进行1次呼吸道标本的结核分枝杆菌核酸检测;对涂片抗酸染色阳性的患者,核酸扩增技术可以鉴别结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌。

 

病原体:结核分枝杆菌;与非结核分枝杆菌鉴别

核酸检测技术:实时PCR、微流控芯片、tNGS、mNGS

 

共识中还对免疫功能受损患者的呼吸道感染病原体核酸检测技术的应用提出了建议。更多信息请见共识原文。

 

 

参考文献

中华检验医学培训工程专家委员会,中华医学会呼吸病学分会.成人呼吸道感染病原诊断核酸检测技术临床应用专家共识(2023)[J].协和医学杂志,2023,14(5):959-971. [点击查看原文]

(辉瑞医学信息部,有效期至2025-11-30)

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